남자들로만 이루어진 젠트라디군과 여자들로만 이루어진 멜트란디군은 지구를 둘러싸고 계속해서 전쟁을 해오고 있었다. 갑자기 시행된 공격을 피하다 우주에서 표류하게된 초거대 요새전함 '마크로스'는 지구로의 힘겨운 여정을 진행하고 있다. 젠트라디의 또 다른 습격이 있던 어느날, 발키리 편대의 이치조 히카루는 우연히 유명 아이돌 린 민메이를 구해내게 된다. 이를 계기로 서로에게 빠져드는 두사람. 하지만 격화되는 전화 속에서 히카루는 항상 티격태격하던 상관 하야미 미사와 표류하게 되고, 히카루는 미사의 진지한 모습에 또 다른 호감을 느끼게 된다. 히카루와 민메이, 미사는 그런 마음의 동요를 가진 채 반복되는 전쟁을 겪어나가게 되는데..

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