자신의 정체를 되찾은 뒤 세상에서 자취를 감췄던 제이슨 본은 과거의 비밀이 아직 모두 밝혀지지 않았다는 사실을 알게 된다. 그가 추적하는 것은 자신을 암살 요원으로 만든 트레드스톤 작전과 아버지의 과거를 잇는 숨겨진 연결이다. 본의 움직임을 포착한 CIA 국장 듀이는 그를 제거하려 하고, 사이버팀장 헤더 리는 다른 계산을 품은 채 접근한다. 시민들의 시위와 정보 감시가 맞물리는 가운데 CIA는 소셜미디어를 이용한 새로운 통제 프로그램을 은밀히 추진한다. 본은 누구의 손도 쉽게 잡을 수 없는 상황에서 추격을 피하며 자신에게 감춰진 사실을 하나씩 확인해야 한다. 전부 기억한다고 믿었던 남자는 자신이 어떤 선택을 하도록 이끌려 왔는지 다시 묻는다.