외계 생체갑옷 가이버와 결합한 숀 바커는 초인적인 힘으로 범죄에 맞서지만, 적을 죽이려 드는 갑옷의 충동 때문에 자신의 삶을 통제하지 못한다. 악몽 같은 환영에 시달리던 그는 유타의 동굴에서 발견된 벽화가 머릿속 이미지와 닮았다는 소식을 듣고 발굴 현장으로 향한다. 그곳에서 고고학자의 딸 코리를 만난 숀은 오래된 흔적 속에 자신과 가이버의 관계를 풀 단서가 있으리라 기대한다. 그러나 발굴팀 주변에는 정체 모를 괴물이 출몰하고, 사라진 줄 알았던 크로노스 조직의 위협도 다시 모습을 드러낸다. 땅속에 묻힌 외계의 유산을 둘러싸고 탐사대와 조직의 목적이 충돌하면서 숀은 또다시 변신을 강요받는다. 인간으로 돌아가고 싶은 청년은 자신을 괴롭게 하는 힘으로 사람들을 지켜야 한다.