400년 전 해적단 생 형제단에게 아버지를 잃고 벵갈라 해안에 표류한 소년은 원주민들에게 구조되어 악과 해적에 맞서는 가면의 수호자 팬텀이 된다. 1938년, 그 뒤를 이은 21대 팬텀 킷 워커는 정글에서 투간다의 해골을 찾아 무덤을 파헤치는 도굴단과 마주친다. 금, 은, 옥으로 만들어진 세 개의 해골을 한데 모으면 세상을 파괴할 만큼 거대한 힘이 깨어난다는 전설이 있다. 이 해골들을 노리는 자는 뉴욕의 야심가 사업가 잰더 드랙스다. 한편 드랙스의 뒤를 캐던 신문사 사주의 조카이자 킷의 옛 연인 다이애나 파머는 벵갈라로 향하던 중 드랙스의 수하인 여성 공중 해적 살라 일당에게 납치된다. 팬텀은 다이애나를 구하고 해골이 하나로 모이는 것을 막기 위해 정글과 뉴욕을 넘나드는 모험에 뛰어든다.