17세기, 일본으로 선교를 떠난 스승 페레이라의 소식이 끊기자 젊은 신부 로드리게스와 가르페는 그를 찾아 항해에 나선다. 천주교를 믿는다는 이유로 처벌받는 땅에 도착한 두 사람은 신앙을 숨긴 채 살아가는 마을 사람들의 도움으로 몸을 피한다. 두려움 속에서도 기도하는 신자들을 만난 이들은 사라진 스승을 찾는 일만큼 자신들의 역할이 절실함을 느낀다. 그러나 관헌의 추적이 좁혀 오고 신자들에게 가해지는 잔혹한 박해를 목격하면서, 굳게 믿었던 확신은 고통스러운 질문으로 바뀐다. 믿음을 버리지 않는 일이 누군가의 고통을 더하는 상황에서 로드리게스는 자신이 따르는 뜻과 눈앞의 생명 사이에서 흔들린다. 간절한 기도에도 아무런 응답이 들리지 않는 침묵 속에서 그는 무엇을 지켜야 하는가?